حدد القانون رقم 146 لسنة 2021 بإصدار قانون حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية، أن تكون لجهاز تنمية البحيرات من أجل تحقيق أهدافه موازنة مستقلة وعدد من الموارد المختلفة.ونصت المادة 7 من القانون على أن تكون للجهاز موازنة مستقلة تعد على نمط موازنات الهيئات العامة الاقتصادية وتشتمل على جميع إيراداته ومصروفاته دون استثناء ، وتبدأ السنة المالية للجهاز مع السنة المالية للدولة وتنتهى بنهايتها، ويفتح له حساب بالبنك المركزى المصرى ضمن حساب الخزانة الموحد، ويتم ترحيل الفائض من عام إلى آخر.وحددت المادة 8 موارد الجهاز و تتكون مما يلى :1 – ما تخصصه الدولة فى الموازنة العامة من مساهمات .2 – حصيلة الرسوم والغرامات المنصوص عليها فى هذا القانون ومقابل الخدمات التى يقدمها الجهاز للغير .3 – القروض والمنح والتبرعات والهبات التى يبرمها أو يقبلها مجلس الإدارة، والمنح والإعانات والهبات الأخرى التى توجهها الاتفاقات الدولية إلى مشروعات الجهاز .4 – حصيلة إدارة واستغلال الأراضى التى تخصص للجهاز لأغراض حماية وتنمية الثروة السمكية والأحياء المائية .5 – حصيلة إدارة واستغلال البحيرات وموانئ الصيد ومواردها .6 – عائد استثمار أموال الجهاز فى المشروعات التى يشارك فيها .7 – أى موارد أخرى يحددها مجلس إدارة الجهاز وفقًا لأغراض إنشائه .ونصت المادة 9 يكون للمبالغ المستحقة للجهاز بمقتضى أحكام هذا القانون امتياز عام على أموال المدين فى مرتبة المبالغ المستحقة للخزانة العامة المنصوص عليها فى المادة (1139 ) من القانون المدنى وسابقة على أى امتياز آخر ، عدا المصروفات القضائية والضرائب والرسوم .وللجهاز فى سبيل اقتضاء حقوقه اتخاذ إجراءات الحجز الإدارى طبقًا لأحكام القانون رقم 308 لسنة 1955وفي المادة 10 حددت انه مع عدم الإخلال بسرية البيانات المحددة بالقوانين المختلفة ، تلتزم جميع الوزارات والمصالح والمحافظات وجميع الجهات ذات الصلة بالدولة بتزويد الجهاز بما يطلبه من بيانات وإحصاءات وبحوث ودراسات تتعلق بحماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية والاستزراع السمكى والأحياء المائية تكون لازمة لتحقيق أهداف الجهاز وأغراضه .