تودع الكنيسة القبطية شخصية استثنائية عاشت بإيمان، وعملت بمحبة، وخدمت بأمانة لم يكن الأنبا باخوميوس مجرد أسقف يدير شؤون إيبارشيته، بل كان أبًا روحيًا لكثيرين، ترك أثرًا لا يمحى في نفوس شعبه وكهنته وكل من تعامل معه، بصماته ستظل خالدة في الكنيسة، ليس فقط من خلال المؤسسات التي أسسها أو الكنائس التي طورها،